山东中医药大学原为山东中医学院，创建于1958年，是新中国早期建立的中医药高等学府之一。1978年被确定为全国重点建设的中医院校，1978年获得硕士学位授予点，1981年成为山东省重点高校，1986年获得博士学位授予点，1996年更名为山东中医药大学。2007年学校主体搬迁至扁鹊故里长清。
学校是山东省人民政府和国家中医药管理局共建院校、省级文明校园、省高水平学科和高水平大学。总占地2182亩，建筑面积75万平方米，现有长清校区、千佛山校区、国际医学中心校区和青岛中医药科学院。全日制在校生23563人，其中本科生17846人，研究生5717人。图书馆馆藏图书143.8万册，电子图书77.8万册，古籍善本3万余册，是山东省古籍重点保护单位。设置17个教学机构、5个科研机构、4个教辅机构。
学校坚持以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，坚持“两个确立”，做到“两个维护”，紧紧围绕立德树人根本任务，坚持社会主义办学方向，全面贯彻党的教育方针，秉承“厚德怀仁、博学笃行”的校训，坚持“以文化人、厚重基础、注重传承、勇于创新”的办学特色，传承精华、守正创新，为党育人、为国育才，经过六十余年几代人辛勤耕耘和不懈奋斗，培养出十余万中医药和健康服务相关专业人才，综合办学实力和社会影响力显著提升。
特色鲜明、内涵丰富，学科建设走在前列。现有中医医史文献、中医内科学、中医基础理论3个国家重点学科，省属本科院校国家重点学科数量第一（省属本科院校共10个）。首批获得硕士、博士学位授权，有3个博士学位授权一级学科，9个硕士学位授权一级学科，首批成为国家“973”项目第一承担单位。中医学入选山东省“高峰学科”，中西医结合、中药学入选山东省“优势特色学科”，生物医学工程入选山东省“培育学科”。学校入选国家高水平中医药重点学科建设项目8个。
以本为本、改革创新，教育教学亮点纷呈。积极打造中医药拔尖创新人才“山东模式”，开设扁鹊班、扁鹊书院以及华佗班、仓公班、凤梧班，王琦书院齐鲁分院落户学校，中医专业少年班典型经验被《人民日报》整版报道。现有35个本科专业，其中27个为国家级省级一流本科专业，数量位居中医药院校第四。国家医师资格考试通过率位列全国中医院校前三。承办2023年华佗杯全国高等院校针灸推拿临床技能大赛并获团体冠军。获全国《黄帝内经》知识大赛总决赛冠军，在首届全国中西医结合大学生临床能力大赛中获团体特等奖，连续三年蝉联中国大学生服务外包创新创业大赛一等奖。先后荣获第四届、第八届中国国际“互联网 ”大学生创新创业大赛金奖以及中国国际大学创新大赛（2023）研究生创意组金奖。学校先后被评为全国创新创业教育典型经验高校50强、教育部全国高校毕业生就业能力培训基地。
人才引领、师德为先，人才队伍实力雄厚。现有博士生导师292人，其中兼职导师138人，硕士生导师1296人，其中兼职导师695名。张灿玾、尚德俊、张志远、王新陆4人荣获“国医大师”荣誉称号。丁书文、王新陆、张鸣鹤、连方、高树中5人荣获“全国名中医”荣誉称号。获“岐黄学者”荣誉称号5人、“青年岐黄学者”6人，泰山学者攀登计划专家2人、泰山学者特聘专家13人、泰山产业领军人才1人、泰山学者青年专家29人。荣获第三届全国创新争先奖1人、全国中医药杰出贡献奖2人、全国中医药高等学校教学名师2人，省部级有突出贡献的中青年专家25人，“全国高校黄大年式教师团队”2个。学校连续两届获国家教学成果二等奖。
科技驱动、协同创新，科研创新长足发展。学校连续两年首位获得国家科技进步二等奖。现有中医学、中药学、中西医结合3个博士后科研流动站，1个教育部重点实验室，6个国家中医药管理局三级重点实验室，3个国家中医药管理局重点研究室，2个全国学术流派传承工作室，拥有国家中医临床研究基地、国家重大新药创制平台（山东）中药单元平台。国家中医药管理局中医药特色疗法评价推广中心落户学校。先后建设青岛中医药科学院、中医药创新研究院、鲁澳中医药产业研究院、山东省中医药健康产业技术研究院、中医文献与文化研究院，成立全球首家石墨烯医学研究院、全国首家中医药抗病毒研究基地。现有实验室面积12.47万平方米，青岛中医药传承创新基地实验室面积3.27万平方米，教学科研仪器总值达9.37亿元。
以文化人、以文育人，文化传承成果丰硕。中医医史文献学术水平全国一流，新中国成立以来规模最大最系统的中医药古籍整理保护计划项目《中华医藏》学术办公室挂靠学校。擦亮儒医文化、扁鹊故里、针砭发源地“三张名片”，先后承办尼山世界中医药论坛、“泰山论灸”“沂山论健”等重大活动。打造全国首家省级中医药文化协同创新中心，成为省高等学校示范协同创新中心。山东省中医药文化传承发展研究院落户学校，学校与山东省委宣传部共建山东省中医药文化研究中心。山东省中医药博物馆获全国中医药文化宣传教育基地、山东省社会科学普及教育基地。
发挥优势、融合发展，社会服务成绩斐然。服务黄河重大战略，共建中医药高质量发展联盟和黄河流域中医医院高质量发展联盟，获省高等学校服务黄河流域生态保护和高质量发展协同创新中心2个。推进校地校企合作，与环球医疗、历城控股、荣昌制药、鲁南制药、建邦集团、南京中医药大学等开展战略合作。近年来先后签订横向合同280项，到账经费4000余万元，实现科研成果转化12项，金额730余万元。学校入选山东省新一轮科技成果转化综合试点单位。服务健康中国建设，现有山东中医药大学附属医院（山东省中医院）、第二附属医院（山东省中西医结合医院）、附属眼科医院3所直属附属医院以及12所非直属附属医院、31所教学医院，其中10所临床教学基地承担二段式床边教学任务。附属医院是国家中医药传承创新中心、国家区域医疗中心输出医院，在国家三级公立中医医院考核中连续5年获a 等级。第二附属医院牵头成立山东省中医治未病联盟，获批全国中西医协同“旗舰”医院试点项目建设单位。省七部门联合以附属眼科医院打造全国中西医结合眼科标杆。
开放办学、对外交流，合作成效日益彰显。学校与世界上近200所高等教育、医疗科研机构建立合作关系，是世界针联对外交往工作委员会以及世界中联中医外治、脉象、抗病毒等专业委员会的挂靠单位，承担“国家中医药服务出口基地”“中国—波兰中医药中心”“中医外治国际合作基地”“中西医结合眼视光与近视防控国际合作基地”等国家高层次对外交流平台建设任务。落实“一带一路”重大战略，与肯雅塔大学、肯尼亚山东商会签订传统医学中心合作备忘录共建传统医药合作中心。与香港中文大学、澳门科技大学、台湾台北护理健康大学开展交流合作。近年来培养国际学生近5000名，港澳台学生600余名。
学校坚持以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，积极推动学校内涵建设和高质量发展，努力在培养高素质中医药人才、推动中医药文化创造性转化创新性发展、服务“健康中国”和新时代社会主义现代化强省建设征程中展现新气象、实现新作为，奋力谱写国内一流中医药大学建设新篇章。